L'OPS a énormément contribué à l'Instance permanente sur les questions autochtones et aux activités interinstitutionnelles, comme celles menées avec la Banque interaméricaine de développement, la Banque mondiale, l'Organisation des États américains, les organismes de coopération bilatérale, le Fonds de développement pour les peuples autochtones d'Amérique latine et des Caraïbes, l'Office of Alternative Medicine du National Institutes of Health (Bureau des médecines alternatives de l'Institut national de la santé des États-Unis), et les services de santé des populations autochtones au Canada et aux États-Unis.
泛美卫生组织大力参与土著问题常设论坛和机构间活动,如与美洲开发银行、世界银行、美洲国家组织、双边合作组织、拉丁美洲和加勒比土著民族发展基金、美国国家健康研究所替代药物办事处以及加拿大和美国土著健康处。